Il Giardino, in sinergia con la Banca del Gemoplasma e con il Museo Erbario, Università del Molise, è impegnato in attività di studio e di ricerca finalizzate alla catalogazione, caratterizzazione e conservazione in situ e ex situ della diversità vegetale.
Ha assunto un ruolo sempre più rilevante nella propagazione delle specie rare e a rischio di estinzione, nel recupero degli ecotipi di interesse agro-alimentare, nel monitoraggio dei cambiamenti climatici e nello studio dei loro effetti sulla flora appenninica d’alta quota (GLORIA), negli interventi di ricostituzione degli ambienti degradati (LIFE DINAMO), diventando una risorsa di altissimo valore biologico, culturale e scientifico.